Setsuna Mudô est un jeune lycéen de 16 ans.
Voyou, il passe son temps à se battre et à traîner dehors.
Mais c'est surtout parce qu'il est torturé par l'amour interdit qu'il éprouve envers sa propre sSur Sara qu'il agit de la sorte.

A la suite d'événements résultant de la guerre entre les anges et les démons, Setsuna apprend qu'il est la réincarnation de l'ange féminin Alexiel, qui était un ange extrêmement important avant d'être déchu.
Il apprend aussi que plus que la simple réincarnation d'un ange, il est la réincarnation de l'ange salvateur, celui qui doit sauver le monde, et pas seulement celui des humains.

D'autre part, de nombreux étudiants trouvent la mort alors qu'ils étaient passionnés par un jeu vidéo nommé Angel Sanctuary, et leur mort reste totalement inexpliquée....

Sur fond de guerre divine et de fin du monde, Angel Sanctuary nous narre le tragique destin de deux êtres qui ne demandaient qu'à s'aimer, mais dont la destinée allait décider de l'avenir des cieux, de la terre et de tout l'univers...

Lucié